1.能量最小化平衡的時候，如果沒有控制好NVT，會出現盒子變小，蛋白跑出水盒子。但是如果僅僅是控制體積不變，又會造成盒子內溶劑密度太小，產生‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’這個錯誤。
NVT:
# Pressure and volume control
useGroupPressure yes;
useFlexibleCell no;
useConstantRatio no;
langevinPiston on
langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod 200.
langevinPistonDecay 50.
langevinPistonTemp $temperature
在
wrapWater on
wrapAll on
這後邊加一個
margin 3
we use the margin 3 command to allow large volume fluctuations that are typical during the first dynamics of a new system in an NpT ensemble.
Fatal error on PE 0> FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT
HT OT (ATOMS 5525 5527 5526)
錯誤原因：水分子的兩個HT原子之間不應該成鍵
TIP3P模型中，shake算法的水分子HH應該是有鍵的，但是vmd中那個solvate模塊自動加的水的HH是沒有鍵的，主動改一下solvate的top文件
修改辦法：將原文件中的結晶水刪除
原因：原體系中存在結晶水
1)
關於FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
幾個解決方法:
a. 將實驗環境改成在 NVT 或 NVE 條件下先進行平衡一段時間，之後視需要再改成 NPT 就較不容易出錯。(主要方法!)
b. langevinPistonPeriod 至少400，langevinPistonDecay至少200，有必要的話加到1000 500 也行
c. 增加 margin
(2)
關於 NPT NVT NVE 的 conf文件設置:
NPT:在 conf 文件添加關於 langevinpiston (定壓)和 langevin (定溫)兩項參數以及衍生參數的設置
NVT:取消 langevinpiston (定壓) 等相關參數的設置(設爲off或在最前面加#符號都行)，langevin (定溫) 參數維持不變。
NVE:取消 langevinpiston (定壓)和 langevin (定溫) 等相關參數的設置
蛋白質跑到水盒子外
cellBasisVector是按照水的minmax寫的
Set water [atomselect top water]
Measure minmax $water
Cellprorigin 測量top all 的center
PME比cell稍微大
出現的原因是蛋白質距離膜邊界太近
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 21750!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
出現原因邊界條件選擇不合適
在生成psf文件時要考慮二硫鍵的存在，可使用自動生成工具；
Keep-water-out可使用默認的參數；
小分子的參數文件要添加到蛋白質-膜的參數文件中，在線生成的小分子psf文件要轉換成charmm力場格式的。
參考
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