GROMACS拓撲文件的工具

本文把各種可以產生GROMACS拓撲文件的工具進行匯總。值得一提的是，這些程序有很多不能產生原子電荷，或者產生的原子電荷質量較差。 RESP電荷是最適合分子動力學模擬使用的電荷之一，AMBER、GAFF等力場直接將之作為御用的原子電荷。 Multiwfn是計算RESP電荷最簡單、最好、最靈活而且完全免費的工具，見《RESP擬合靜電勢電荷的原理以及在Multiwfn中的計算》（http://sobereva.com/441）。另外，在J. Phys. Chem. B, 121, 3864 (2017)中，OPLS-AA力場被證明很適合結合1.2*CM5電荷使用，用Multiwfn的主功能7的子功能16直接就能計算出CM5電荷，將之手動乘以1.2即是1.2*CM5電荷。

Lammps的moltemplate以及OPLSAA

lammps的moltemplate裡面oplsaa.lt介紹如何用oplsaa.prm去寫force-field，指令如下

tinkerparm2lt.py -name OPLSAA -file oplsaa.prm -dihedral-style opls -zeropad 3
oplsaa.prm的資訊在以下連結
https://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm

moltemplate的官網以及使用說明
http://www.moltemplate.org/#opennewwindow
https://www.moltemplate.org/doc/moltemplate_manual.pdf

moltemplate影片
http://videominecraft.ru/watch/Z-biSvaYN24/moltemplate-linux.html

參考
https://github.com/lammps/lammps/blob/master/tools/moltemplate/moltemplate/force_fields/oplsaa.lt

Google AI Princeton: Current and Future Research

Google has long partnered with academia to advance research, collaborating with universities all over the world on joint research projects which result in novel developments in Computer Science, Engineering, and related fields. Today we announce the latest of these academic partnerships in the form of a new lab, across the street from Princeton University’s historic Nassau Hall, opening early next year. By fostering closer collaborations with faculty and students at Princeton, the lab aims to broaden research in multiple facets of machine learning, focusing its initial research efforts on optimization methods for large-scale machine learning, control theory and reinforcement learning. Below we give a brief overview of the research progress thus far.

TPPMKTOP：OPLS-AA全原子力場的GROMACS拓撲文件生成器

生成OPLS-AA力場的拓撲文件非常複雜, 因為此力場包含的原子類型非常多, 超過800種. 但即便使用如此多的原子類型, OPLS-AA力場仍不可能描述所有分子的化學結構. 因此, 當文獻中給出了新化學片段的參數後, OPLS-AA力場的原子類型也會隨之增加. TPPMKTOP是一個自動化的工具, 可用於生成OPLS-AA力場的拓撲文件. 它提供了免費的網絡服務, 網址為http://erg.biophys.msu.ru/tpp. TPPMKTOP使用了MySQL數據庫, 其中包含了有關原子類型指認的力場參數和信息. 這個數據庫一直持續升級. TPPMKTOP是一個開源項目, 可以聯繫comconadin@gmail.com以便獲得最新版本.

Lammps設定牆

https://lammps.sandia.gov/doc/Howto_walls.html

ubuntu 18.04安裝onedrive

python執行終端機

以下的範例是利用python寫一個script檔，讓Lammps可以跑完平衡後接著做分析。

ubuntu進入

http://www.linuxdiyf.com/linux/18360.html
https://www.codetd.com/article/4108612
https://blog.csdn.net/nikoong/article/details/54235130

免費的Google雲端GPU

參考
https://paper.dropbox.com/doc/Colab-GoogleGPU-PgHACZc8YirolA2ZX2pkd

建立Lammps data file

Top 50 matplotlib plots

參考
https://www.machinelearningplus.com/plots/top-50-matplotlib-visualizations-the-master-plots-python/?utm_campaign=shareaholic&utm_medium=twitter&utm_source=socialnetwork&fbclid=IwAR2pS_Fq-C4sYHOu4-FFF8lc1G6iBgGwMcTaEA3BIUsJu-N13Wg42VfsrHE

ubuntu 18.04 install cuda

安裝前，如果廠商是先灌Windows的話，記得要先到BIOS的secure boot把OS改為other os (主機板是ASUS ROG STRIX Z390-H GAMING)。

強烈建議使用runfile (local)安裝，會比deb (local)方便非常多。

Ubuntu 網路設定 - PPPoE (ADSL) 指令

GROMACS力場拓撲文件的創建

Force Field選擇

cygwin安裝apt-cyg numpy matplotlib pip和

VMD設定

$ pbc set {100 100 100}
$ pbc box_draw -shiftcenterrel {0 0 0}

$ pbc box -on
$ pbc unwrap

參考
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/

VMD User's Guidehttps://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/

python
$ import os
$ os.system('vmd conf.gro')
參考
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node246.html

Working with a Single Moleculehttps://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node2.html#sec:LoadMol

Molecular Modeling

http://videominecraft.ru/watch/hChPzoEXK2Q/molecular-modeling.html

Creating high quality figureshttp://videominecraft.ru/watch/w5lq57JOf1o/vmd-creating-high-quality-figures.html

Distance Measurementshttp://videominecraft.ru/watch/QV0_CJHBF6U/distance-measurements-in-vmd.html

Solvating a Protein Using VMD

http://videominecraft.ru/watch/kIenedhCUQ8/solvating-a-protein-using-vmd.html

Rendering Images in VMD Using Tachyon, POV-Ray, Snapshot in Windows

http://videominecraft.ru/watch/wJo3zjRAQoo/rendering-images-in-vmd-using-tachyon-pov-ray-snapshot-in-windows.html

Creating representations and trajectory smoothing

http://videominecraft.ru/watch/dxB__iHZbWI/creating-representations-and-trajectory-smoothing-in-vmd.html

Loading a Trajectory

http://videominecraft.ru/watch/J1sMUjlT3kQ/loading-a-trajectory-in-vmd.html

making tutorial

http://videominecraft.ru/watch/ip7lmmD7Z2k/vmd-image-making-tutorial.html

openMP平行化random number以及常態分佈

ubuntu 遠端加密複製檔案與目錄

從本地端複製到遠端

檔案
$ scp ~/Downloads/DMFmem/1_NPT/DMFmem.data  chiustin@140.112.182.158:/home/chiustin/桌面/lammps
目錄
$ scp -r ~/Downloads/DMFmem  chiustin@140.112.182.158:/home/chiustin/桌面/lammps

從遠端複製到本地端

檔案

$ scp chiustin@140.112.182.158:/home/chiustin/桌面/lammps ~/Downloads/DMFmem/1_NPT/DMFmem.data
目錄
$ scp -r chiustin@140.112.182.158:/home/chiustin/桌面/lammps ~/Downloads/DMFmem  

參考資料

https://blog.gtwang.org/linux/linux-scp-command-tutorial-examples/