Chiustin: Lammps

使用berendsen注意事項

fix 1 all nve
fix 2 all langevin 300.0 300.0 1000.0 699483

1.要搭配nve才能透過積分找出下一步v跟f
2.先使用langevin 讓系統達到平衡再呼叫temp/berendsen和press/berendsen，以下是axel的解釋

the thermo output suggests that your system is far from equilibrium,
i would first run for a while with fix nve and fix langevin (using an
adequately high friction term) that will help to bring your system
closer to equilibrium and also help dissipating the kinetic energy
evenly throughout your system. once this has stabilized, and only
then, you should switch to a variable volume fix. this has been
discussed here several times already.

參考
https://sourceforge.net/p/lammps/mailman/message/25173729/

fix 3 all temp/berendsen 300.0 300.0 500
fix 4 all press/berendsen iso 1.0 1.0 1000

3.Pdamp要設至少1000才能夠跑

參考
https://lammps.sandia.gov/doc/fix_press_berendsen.html

2020年3月13日星期五

LAMMPS 水的force field

http://www.orsi.sems.qmul.ac.uk/downloads.html

2020年3月11日星期三

oplsaa轉到LAMMPS

tinker
https://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm

oplsaa-erg_ff
https://bitbucket.org/comcon1/oplsaa-erg_ff/src/default/

Dihedral Coeffs
https://lammps.sandia.gov/threads/msg32415.html

Moltemplate OPLS-AA improper parameters
https://lammps.sandia.gov/threads/msg72033.html

2020年3月10日星期二

MD force field

http://erg.biophys.msu.ru/erg/tpp/index.py
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/
http://www.charmm-gui.org/?doc=input

2020年3月9日星期一

Lammps安裝過程

Updating Homebrew...
==> Auto-updated Homebrew!
Updated 2 taps (homebrew/core and homebrew/cask).
==> Updated Formulae
camlp5 lablgtk menhir ocaml ocaml-num ocamlsdl
inadyn libexosip mkvtoolnix ocaml-findlib ocamlbuild verilator
==> Deleted Formulae
camlp4
==> Updated Casks
homebrew/cask/amethyst homebrew/cask/freeplane homebrew/cask/mucommander homebrew/cask/tinymediamanager
homebrew/cask/base homebrew/cask/j homebrew/cask/mudlet homebrew/cask/veusz
homebrew/cask/blitz homebrew/cask/keystore-explorer homebrew/cask/numi homebrew/cask/xamarin-profiler
homebrew/cask/burn homebrew/cask/kode54-cog homebrew/cask/pinegrow homebrew/cask/yinxiangbiji
homebrew/cask/daisydisk homebrew/cask/mcgimp homebrew/cask/psychopy
homebrew/cask/electrocrud homebrew/cask/mellow homebrew/cask/refined-github-safari

==> Installing dependencies for lammps: hwloc, libevent, open-mpi, fftw and kim-api
==> Installing lammps dependency: hwloc
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/hwloc-2.1.0.catalina.bottle.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/94/94e4e238c45da330b53fde9c622e74a2dfabd00a17f37fa1807b1d828452759d?__gda__=exp=1583746103~hmac=200ec34b4765b09c65c523c
######################################################################## 100.0%
==> Pouring hwloc-2.1.0.catalina.bottle.tar.gz
==> Caveats
Bash completion has been installed to:
/usr/local/etc/bash_completion.d
==> Summary
🍺 /usr/local/Cellar/hwloc/2.1.0: 881 files, 9.5MB
==> Installing lammps dependency: libevent
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/libevent-2.1.11_1.catalina.bottle.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/9d/9d262f9ffb2268340a89c713826d8ca068bcac06c30baf49e6184ab4660d977a?__gda__=exp=1583746109~hmac=a9d25e6511b5ddd7eeaa86c
######################################################################## 100.0%
==> Pouring libevent-2.1.11_1.catalina.bottle.tar.gz
🍺 /usr/local/Cellar/libevent/2.1.11_1: 1,063 files, 5MB
==> Installing lammps dependency: open-mpi
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/open-mpi-4.0.3.catalina.bottle.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/3b/3b143cf02a5345bb0d4df0777d3a34f806ff7fb66dc5d21993b8c4f218722ac7?__gda__=exp=1583746115~hmac=253bae48c6c40c68026dc37
######################################################################## 100.0%
==> Pouring open-mpi-4.0.3.catalina.bottle.tar.gz
🍺 /usr/local/Cellar/open-mpi/4.0.3: 752 files, 11.3MB
==> Installing lammps dependency: fftw
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/fftw-3.3.8_1.catalina.bottle.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/27/271f7a5febd92b8757948c86fa24546aca9025087406056b7cf4036ca97b29e4?__gda__=exp=1583746121~hmac=4b173984e6ec8b297aa0ec8
######################################################################## 100.0%
==> Pouring fftw-3.3.8_1.catalina.bottle.tar.gz
🍺 /usr/local/Cellar/fftw/3.3.8_1: 73 files, 14.8MB
==> Installing lammps dependency: kim-api
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/kim-api-2.1.3.catalina.bottle.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/ae/ae59f45bf8d539f1b633120cdb942c2a0a0f1880eee4ee91981f268792e1b1c4?__gda__=exp=1583746126~hmac=464da1ff6f45e08326d29d8
######################################################################## 100.0%
==> Pouring kim-api-2.1.3.catalina.bottle.tar.gz
Warning: kim-api dependency gcc was built with a different C++ standard
library (libstdc++ from clang). This may cause problems at runtime.
==> Caveats
Bash completion has been installed to:
/usr/local/etc/bash_completion.d

zsh completions and functions have been installed to:
/usr/local/share/zsh/site-functions

Emacs Lisp files have been installed to:
/usr/local/share/emacs/site-lisp/kim-api
==> Summary
🍺 /usr/local/Cellar/kim-api/2.1.3: 1,285 files, 21.6MB
==> Installing lammps
==> Downloading https://homebrew.bintray.com/bottles/lammps-2019-08-07.catalina.bottle.tar.gz
==> Downloading from https://akamai.bintray.com/60/604056c80bb3b36f0a1644388bff26f2bcdc3e2f2541247e9a7ce941b20e9bcc?__gda__=exp=1583746133~hmac=2bd684fb81d50cc717258b5
######################################################################## 100.0%
==> Pouring lammps-2019-08-07.catalina.bottle.tar.gz
Warning: lammps dependency gcc was built with a different C++ standard
library (libstdc++ from clang). This may cause problems at runtime.
🍺 /usr/local/Cellar/lammps/2019-08-07: 5,788 files, 335.5MB
==> Caveats
==> hwloc
Bash completion has been installed to:
/usr/local/etc/bash_completion.d
==> kim-api
Bash completion has been installed to:
/usr/local/etc/bash_completion.d

zsh completions and functions have been installed to:
/usr/local/share/zsh/site-functions

Emacs Lisp files have been installed to:
/usr/local/share/emacs/site-lisp/kim-api

2019年9月10日星期二

A reactive force field implementation in LAMMPS

LAMMPS在reax範例中的input腳本(in.CHO)
https://github.com/lammps/lammps/blob/master/examples/reax/CHO/in.CHO

# REAX potential for CHO system
# .....
units  real
atom_style charge

read_data data.CHO

pair_style reax/c lmp_control
pair_coeff * * ffield.reax.cho H C O

neighbor 2 bin
neigh_modify every 10 delay 0 check no

fix  1 all nve
fix             2 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq
fix             3 all temp/berendsen 500.0 500.0 100.0

timestep 0.25

#dump  1 all atom 30 dump.reax.cho

run  3000

其中data檔(data.CHO)為
https://github.com/lammps/lammps/blob/master/examples/reax/CHO/data.CHO

# CHO example

105 atoms
3 atom types

0 25.000 xlo xhi
0 25.000 ylo yhi
0 25.000 zlo zhi

Masses

1 1.0080
2 12.0107
3 15.9994

Atoms

   1 2 0.0 10.67229  14.36836  12.47166
   2 1 0.0 11.02446  14.91550  13.35233
   3 1 0.0 11.02446  14.91549  11.59096
   4 1 0.0  9.57932  14.41980  12.47166
   5 2 0.0 11.17534  12.87608  12.47165
   6 1 0.0 10.79792  12.33546  13.34037
   7 1 0.0 10.79790  12.33545  11.60294
   8 2 0.0 12.75013  12.93134  12.47163
   9 1 0.0 13.13241  13.47175  11.60486
  10 1 0.0 13.13241  13.47210  13.33818
  11 2 0.0 13.22294  11.42815  12.47199
  12 1 0.0 12.83858  10.89166  11.60377
  13 1 0.0 12.83959  10.89255  13.34119
  14 2 0.0 14.79762  11.45137  12.47107
  15 1 0.0 15.21044  10.43808  12.47354
  16 1 0.0 15.19550  11.96345  11.58877
  17 1 0.0 15.19648  11.96815  13.35018
  18 2 0.0  0.24250   0.91354   1.10383
  19 1 0.0  0.97225   1.67509   1.39797
  20 1 0.0 24.87363   1.18825   0.11010
  21 1 0.0 24.39847   0.98637   1.79630
  22 2 0.0  0.86944  24.46895   1.11508
  23 1 0.0  1.21047  24.19771   2.11484
  24 1 0.0  0.12679  23.71752   0.84453
  25 2 0.0  2.06454  24.48829   0.08825
  26 1 0.0  1.72846  24.75977  24.08683
  27 1 0.0  2.80951   0.23920   0.35408
  28 2 0.0  2.67036  23.03401   0.12171
  29 1 0.0  1.92204  22.28680  24.85503
  30 1 0.0  3.00638  22.76782   1.12450
  31 2 0.0  3.87027  23.02208  24.10132
  32 1 0.0  4.35176  22.04072  24.06515
  33 1 0.0  3.54082  23.26189  23.08511
  34 1 0.0  4.63935  23.75310  24.37121
  35 2 0.0  1.37929  14.62909  17.52744
  36 1 0.0  1.08393  15.52196  18.08818
  37 1 0.0  2.47385  14.59977  17.52258
  38 1 0.0  1.05260  14.77122  16.49293
  39 2 0.0  0.76275  13.31937  18.14786
  40 1 0.0 24.67295  13.35030  18.12450
  41 1 0.0  1.04396  12.44064  17.56651
  42 2 0.0  1.30113  13.22425  19.62581
  43 1 0.0  2.39107  13.19385  19.65447
  44 1 0.0  1.02336  14.10169  20.21106
  45 2 0.0  0.66878  11.90830  20.21883
  46 1 0.0  0.94960  11.03396  19.63080
  47 1 0.0 24.57945  11.94426  20.18968
  48 2 0.0  1.19125  11.78568  21.69954
  49 1 0.0  0.79365  10.89123  22.18875
  50 1 0.0  2.28374  11.72162  21.74071
  51 1 0.0  0.89616  12.64769  22.30679
  52 2 0.0 11.41750   7.16471  22.76002
  53 1 0.0 11.74866   7.28340  21.72336
  54 1 0.0 11.72154   8.06612  23.30055
  55 1 0.0 11.97469   6.32478  23.18558
  56 2 0.0  9.86319   6.92474  22.85179
  57 1 0.0  9.57626   6.01094  22.33031
  58 1 0.0  9.54930   6.78307  23.88660
  59 2 0.0  9.17390   8.18942  22.21244
  60 1 0.0  9.45849   9.10599  22.73021
  61 1 0.0  9.48557   8.33580  21.17777
  62 2 0.0  7.62459   7.92132  22.31840
  63 1 0.0  7.31756   7.77569  23.35472
  64 1 0.0  7.34468   7.00469  21.79795
  65 2 0.0  6.90692   9.17258  21.68631
  66 1 0.0  5.81845   9.06496  21.71809
  67 1 0.0  7.15914  10.09632  22.21721
  68 1 0.0  7.18992   9.31630  20.63835
  69 2 0.0  4.69047  14.13340  23.48572
  70 1 0.0  4.95366  15.17281  23.26391
  71 1 0.0  5.39163  13.78010  24.24888
  72 1 0.0  4.87514  13.55000  22.57874
  73 2 0.0  3.19477  13.99798  23.95930
  74 1 0.0  2.50599  14.33002  23.18163
  75 1 0.0  2.93803  12.95591  24.15345
  76 2 0.0  3.05322  14.87431   0.26136
  77 1 0.0  3.74058  14.54651   1.04202
  78 1 0.0  3.30993  15.91730   0.07257
  79 2 0.0  1.55058  14.71961   0.71013
  80 1 0.0  1.29864  13.67531   0.89801
  81 1 0.0  0.86725  15.05003  24.92701
  82 2 0.0  1.37850  15.58633   2.01380
  83 1 0.0  0.35341  15.53527   2.39297
  84 1 0.0  2.04062  15.24695   2.81709
  85 1 0.0  1.60704  16.64178   1.83261
  86 3 0.0  8.51658  13.05007  22.43728
  87 3 0.0  9.43965  13.72051  21.88842
  88 3 0.0 18.16518   4.73455   8.81928
  89 3 0.0 18.65469   4.57291   7.66370
  90 3 0.0  6.43553  20.34119  24.80049
  91 3 0.0  6.44898  20.31621  23.53493
  92 3 0.0 21.90539  11.54301  19.82384
  93 3 0.0 20.76137  11.61918  20.36007
  94 3 0.0  3.42232  11.07545   5.77130
  95 3 0.0  3.88671  10.95299   4.60048
  96 3 0.0 11.93988   4.94134  20.86058
  97 3 0.0 12.98804   5.47798  20.39555
  98 3 0.0 14.08646   9.50799  20.80806
  99 3 0.0 14.09449  10.68237  20.33642
 100 3 0.0  3.45246  19.93144  16.38965
 101 3 0.0  2.86282  19.60263  15.31936
 102 3 0.0 12.85008  21.95287  13.63796
 103 3 0.0 12.06593  21.16486  14.24238
 104 3 0.0 24.47055   7.42219  14.24997
 105 3 0.0 24.43181   7.37102  12.98624

reax的建模需要注意的是units選取real，atom_style為charge

units  real
atom_style charge

讀取模型的數據文件，可以嘗試用MS輸出car格式，利用LAMMPS中的msi2lmp工具轉化為所需的數據文件

read_data data.CHO

接著選取potential類型，注意pair_style和pair_coeff應在read_data或create_box後

pair_style reax/c lmp_control
pair_coeff * * ffield.reax.cho H C O


neighbor 2 bin
neigh_modify every 10 delay 0 check no

上述命令中lmp_control為控製文件，用於控制輸出軌跡文件trj，若無需要可將其替換為NULL

ffield.reax.cho存放在Lammps的potential資料夾
https://github.com/lammps/lammps/tree/master/potentials
，在使用其他系統時，可以選用ADF軟件中的potential文件(可以直接使用)。

fix  1 all nve
fix             2 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq
fix             3 all temp/berendsen 500.0 500.0 100.0

對於reax的分子動力學模擬，必須有電荷守恆條件(fix qeq / reax)，其中param.qeq存放所需原子的參數，從左到右分別為原子類型，電負性(eV)，自庫倫勢，軌道指數

1 5.3200 14.8732 1.0206
2 5.8678 14.0000 0.9000
3 8.5000 17.9978 1.0503

上述數值也存在於potential文件中，因此可以將param.qeq替換為REAX/ C，如下圖所示：

其次在進行模擬時，一般可以選用NVT，如果系統分子個數比較少，應增大溫度加快反應進程（去掉fix 1和fix 3改為）

fix           1 all nvt temp 3500.0 3500.0 100.0

reax的分子動力學模擬，time step應在0.1-1.0之間，一般選取0.25

timestep 0.25

執行後若要製作動畫，應生成dump文件

dump        1 all custom mass type xs ys zs fx fy fz

畫圖檔指令

topo readlammpsdata data.CHO charge

2019年1月8日星期二

安裝Lammps polarizable systems using Drude oscillators套件

ERROR: Illegal pair_style command (../pair_lj_cut_coul_long.cpp:600)
Last command: pair_style hybrid/overlay lj/cut/coul/long 8.0 8.0 thole 2.600 8.0

$ make yes-USER-DRUDE

ERROR: Unknown fix style shake (../modify.cpp:898)
Last command: fix fSHAKE gATOMS shake 0.0001 20 0 b 2 3 5

$ make yes-RIGID

2018年12月31日星期一

Lammps的moltemplate以及OPLSAA

lammps的moltemplate裡面oplsaa.lt介紹如何用oplsaa.prm去寫force-field，指令如下

tinkerparm2lt.py -name OPLSAA -file oplsaa.prm -dihedral-style opls -zeropad 3
oplsaa.prm的資訊在以下連結
https://dasher.wustl.edu/tinker/distribution/params/oplsaa.prm

moltemplate的官網以及使用說明
http://www.moltemplate.org/#opennewwindow
https://www.moltemplate.org/doc/moltemplate_manual.pdf

moltemplate影片
http://videominecraft.ru/watch/Z-biSvaYN24/moltemplate-linux.html

參考
https://github.com/lammps/lammps/blob/master/tools/moltemplate/moltemplate/force_fields/oplsaa.lt

2018年12月29日星期六

Lammps設定牆

https://lammps.sandia.gov/doc/Howto_walls.html

2018年12月23日星期日

建立Lammps data file

2018年10月20日星期六

ubuntu 16.04 install lammps-gpu

2018年10月15日星期一

Lammps install for Mac

2018年9月14日星期五

ubuntu lammps install easily

1. 安裝前所需套件
$ sudo apt update
$ sudo apt-get install gcc
$ sudo apt-get install g++
$ sudo apt-get install gfortran
$ sudo apt-get install make
$ sudo apt-get install mpi-default-*
$ sudo apt-get install libfftw3-dev
$ sudo apt-get install libjpeg-dev
$ sudo apt-get install libpng16-dev
$ sudo apt-get install libpng-dev

2. 下載Lammps
https://lammps.sandia.gov/download.html
下載到家目錄

3. 安裝meam
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/lib/meam
$ sudo make -f Makefile.gfortran clean
$ sudo make -f Makefile.gfortran

參考
https://github.com/lammps/lammps/tree/master/lib/meam

4. 安裝reax
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/lib/reax
$ sudo make -f Makefile.gfortran

參考
https://lammps.sandia.gov/threads/msg66213.html
https://lammps.sandia.gov/threads/msg62170.html

5. 安裝voronoi
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/lib/voronoi
$ wget http://math.lbl.gov/voro++/download/dir/voro++-0.4.6.tar.gz
$ tar -xvf voro++-0.4.6.tar.gz
$ cd voro++-0.4.6
$ make clean
$ sudo make
$ sudo make install
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/lib/voronoi
$ gedit Makefile.lammps
$ voronoi_SYSINC = -I/usr/local/include/voro++
$ voronoi_SYSLIB = -lvoro++
$ voronoi_SYSPATH = -L/usr/local/lib

參考
https://github.com/lammps/lammps/tree/master/lib/voronoi

6. 安裝fftw
$ cd
http://www.fftw.org/download.html or
$ wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz
$ tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz
$ cd fftw-3.3.8/
$ sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
(for Mac ./configure --prefix=/usr/local --enable-float --enable-threads
參考 http://www.fftw.org/install/mac.html)
$ sudo make -j4
$ sudo make install
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src/MAKE/OPTIONS/
$ vi Makefile.fftw
確認
FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH = -L/usr/local/lib
FFT_LIB = -lfftw3

參考
https://zhuanlan.zhihu.com/p/36457551

7. 安裝mpich
$ cd
$ wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3/mpich-3.3.tar.gz
$ tar -xvf mpich-3.3.tar.gz
$ cd mpich-3.3/
$ sudo ./configure --prefix=/usr/local
$ sudo make -j4
$ sudo make install
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src/MAKE/OPTIONS
$ vi Makefile.g++_mpich_link
確認
MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread

參考
https://zhuanlan.zhihu.com/p/36457551

8. 選擇套件
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src
$ make yes-meam
$ make yes-voronoi
$ make yes-class2
$ make yes-manybody
$ make yes-molecule
$ make yes-dipole
$ make yes-USER-DRUDE
$ make yes-RIGID
$ make yes-reax
$ make yes-user-reaxc

$ make package-status 可以看哪些package沒安裝

9. 編譯binary
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src/MAKE/MACHINES
$ cp Makefile.ubuntu ../
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src
$ sudo make ubuntu
$ sudo make mpi -j4
$ sudo make serial -j4

for Mac
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src/MAKE/MACHINES
$ cp Makefile.mac ../
$ cp Makefile.mac_mpi ../
$ vi Makefile. mac_mpi

CC = /usr/local/bin/mpic++
CCFLAGS = -O3
SHFLAGS = -fPIC
DEPFLAGS = -M

LINK = /usr/local/bin/mpic++
LINKFLAGS = -O3
LIB =
SIZE = size

$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/src
$ sudo make mac
$ sudo make mac_mpi

10. 環境變數
$ sudo cp lmp_ubuntu /usr/local/bin
$ sudo cp lmp_mpi /usr/local/bin
$ sudo cp lmp_serial /usr/local/bin
$ sudo vim /etc/profile
$ export PATH=/usr/local/bin:$PATH
$ source /etc/profile
$ which lmp_ubuntu
$ which lmp_mpi
$ which lmp_serial

10. 測試
$ cd /home/chiustin/lammps-12Dec18/examples/shear
$ mpirun -np 3 lmp_ubuntu < in.shear
$ lmp_ubuntu < in.shear
$ mpirun -np 3 lmp_mpi < in.shear
$ lmp_serial < in.shear

參考
http://i.youku.com/simuly#opennewwindow

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