建立Lammps data file

1. MS建模→export→保存類型為*.car；*.cor文件→打開這個文件，刪除文件中xx一豎列（如果不刪除這一列，不識別原子類型）→msi2lmp.exe進行轉換
2.MS建模→export→保存類型為*.cif格式文件→VESTA軟件打開文件（模型要有晶胞）→export data 格式*poscar;vasp→OVITO軟件打開→export data文件
3.MS或者chem3D建模→保存類型為*.pdb文件→python軟件轉化（輸入命令導出），導出data文件
4.MS或者chem3D建模→保存類型為*.pdb文件→導入VMD中，利用Topotools命令轉化data(topo writelammpsdata data.mysystem molecular )具體參考https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools/topotools-tutorial---introduction
5.moltemplate 插件：lammps_root/tools下面，支持pdb和xyz格式。具體參考http://www.moltemplate.org/
補充：如果是建立液相的分子體系，中間需要使用packmol這個軟件，導出來pdb文件。還有其他商業化軟件也可以導出來data文件例如Maps等。

參考
http://www.isimuly.com/forum.php?mod=viewthread&tid=438