ubuntu 18.04 install RDKit

1. 建立rdkit環境
$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

2. 到anaconda3的bin資料夾
$ cd anaconda3/bin

3. 安裝conda-foerg rdkit
$ conda install -c conda-forge rdkit

4. 安裝cmake cairo pillow eigen pkg-config
$ conda install -y cmake cairo pillow eigen pkg-config

5. 安裝boost-cpp boost py-boost
$ conda install -y boost-cpp boost py-boost
$ conda update -n base -c defaults conda

6. 安裝gxx_linux-64
$ conda install -y gxx_linux-64

7. 複製rdkit資料夾到家目錄
$ cd
$ sudo apt install git
$ git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git

8. 進入rdkit資料夾
$ cd rdkit

9. 產升build資料夾
$ mkdir build

10. 進入build資料夾
$ cd build

11. cmake (切記這邊一定要注意你的Python是哪個版本)
$ cmake .. -DPy_ENABLE_SHARED=1 -DRDK_INSTALL_INTREE=ON -DRDK_INSTALL_STATIC_LIBS=OFF -DRDK_BUILD_CPP_TESTS=ON -DPYTHON_NUMPY_INCLUDE_PATH="$CONDA_PREFIX/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include" -DBOOST_ROOT="$CONDA_PREFIX"

12. 在my-rdkit-env環境建立include numpy
否則會發生fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory #include <numpy/arrayobject.h>

$ which python3

/home/chiustin/anaconda3/envs/my-rdkit-env/bin/python3

$ cd /home/chiustin/anaconda3/envs/my-rdkit-env/include

$ mkdir numpy

$ cd numpy 

$ cp /usr/include/numpy/* .

12. make以及make install
$ make
$ make install



參考
http://www.rdkit.org/docs/Install.html