Chiustin: 2018

2018年12月31日星期一

GROMACS拓撲文件的工具

本文把各種可以產生GROMACS拓撲文件的工具進行匯總。值得一提的是，這些程序有很多不能產生原子電荷，或者產生的原子電荷質量較差。 RESP電荷是最適合分子動力學模擬使用的電荷之一，AMBER、GAFF等力場直接將之作為御用的原子電荷。 Multiwfn是計算RESP電荷最簡單、最好、最靈活而且完全免費的工具，見《RESP擬合靜電勢電荷的原理以及在Multiwfn中的計算》（http://sobereva.com/441）。另外，在J. Phys. Chem. B, 121, 3864 (2017)中，OPLS-AA力場被證明很適合結合1.2*CM5電荷使用，用Multiwfn的主功能7的子功能16直接就能計算出CM5電荷，將之手動乘以1.2即是1.2*CM5電荷。

	! module, output a single frame (pdb "model") of the trajectory. This has
	! nothing to do with OpenMM.
	SUBROUTINE myWritePDBFrame(frameNum, timeInPs, energyInKcal)
	use MyAtomInfo; implicit none
	integer frameNum; real*8 timeInPs, energyInKcal

	integer n
	print "('MODEL',5X,I0)", frameNum
	print "('REMARK 250 time=', F0.3, ' picoseconds; Energy=', F0.3, ' kcal/mole')", &
	timeInPs, energyInKcal
	do n = 1,NumAtoms
	print "('ATOM ', I5, ' ', A4, ' SLT 1 ', 3F8.3, ' 1.00 0.00')", &
	n, atoms(n)%pdb, atoms(n)%posInAng
	end do
	print "('ENDMDL')"
	END SUBROUTINE

	static void
	myWritePDBFrame(int frameNum, double timeInPs, double energyInKcal,
	const MyAtomInfo atoms[])
	{
	// Write out in PDB format -- printf is so much more compact than formatted cout.
	printf("MODEL %d\n", frameNum);
	printf("REMARK 250 time=%.3f ps; energy=%.3f kcal/mole\n",
	timeInPs, energyInKcal);
	for (int n=0; *atoms[n].pdb; ++n)
	printf("ATOM %5d %4s SLT 1 %8.3f%8.3f%8.3f 1.00 0.00\n",
	n+1, atoms[n].pdb,
	atoms[n].posInAng[0], atoms[n].posInAng[1], atoms[n].posInAng[2]);
	printf("ENDMDL\n");
	}

網頁

2018年12月31日 星期一

2018年12月29日 星期六

2018年12月28日 星期五

2018年12月27日 星期四

2018年12月26日 星期三

2018年12月25日 星期二

2018年12月23日 星期日

2018年12月22日 星期六

2018年12月21日 星期五

2018年12月20日 星期四

2018年12月19日 星期三

2018年12月17日 星期一

2018年12月11日 星期二

2018年11月14日 星期三

2018年11月12日 星期一

2018年11月11日 星期日

2018年11月9日 星期五

2018年11月8日 星期四

2018年11月4日 星期日

2018年11月3日 星期六

2018年10月31日 星期三

2018年10月22日 星期一

2018年10月20日 星期六

2018年10月18日 星期四

2018年10月17日 星期三

2018年10月15日 星期一

2018年9月14日 星期五

2018年9月13日 星期四

2018年9月10日 星期一

2018年8月24日 星期五

2018年8月1日 星期三

2018年12月31日星期一

2018年12月29日星期六

2018年12月28日星期五

2018年12月27日星期四

2018年12月26日星期三

2018年12月25日星期二

2018年12月23日星期日

2018年12月22日星期六

2018年12月21日星期五

2018年12月20日星期四

2018年12月19日星期三

2018年12月17日星期一

2018年12月11日星期二

2018年11月14日星期三

2018年11月12日星期一

2018年11月11日星期日

2018年11月9日星期五

2018年11月8日星期四

2018年11月4日星期日

2018年11月3日星期六

2018年10月31日星期三

2018年10月22日星期一

2018年10月20日星期六

2018年10月18日星期四

2018年10月17日星期三

2018年10月15日星期一

2018年9月14日星期五

2018年9月13日星期四

2018年9月10日星期一

2018年8月24日星期五

2018年8月1日星期三