Chiustin: 1月 2019

2019年1月27日星期日

2019年1月26日星期六

1.卸载python3.5
sudo apt-get remove python3.5

2.卸载python3.5以及它的依赖包
sudo apt-get remove --auto-remove python3.5

3.清除python3.5
要想清除python3.5的配置文件和数据文件，执行以下命令：
sudo apt-get purge python3.5
sudo apt-get purge --auto-remove python3.5

Error after upgrading pip: cannot import name 'main'

$ sudo python3 -m pip uninstall pip && sudo apt install python3-pip --reinstall

2019年1月25日星期五

sudo: pip: command not found

Ubuntu系統下執行sudo pip install package-name出現 sudo: pip: command not found 的問題。原因是因為編譯sudo的時候加入了–with-secure-path 選項。

$ vi ~/.zshrc or vi ~/.bashrc
$ alias sudo='sudo env PATH=$PATH'
$ source ~/.zshrc or source ~/.bashrc

參考
https://blog.csdn.net/hhhuua/article/details/80995339

zsh: command not found: conda

$ vi ~/.zshrc
$ export PATH="/home/chiustin/anaconda3/bin:$PATH"
$ source ~/.zshrc

2019年1月23日星期三

python判斷作業系統

$ import platform
$ sysstr = platform.system()
platform.system()會傳回 Windows、Linux、Darwin(Mac OS X)、Java(Jython) 等字串

參考

https://imsardine.wordpress.com/2012/06/12/python-programming-environment-os/

https://blog.csdn.net/gatieme/article/details/45674367

MAC在終端機執行開啟vmd

1.寫到
$ vi ~/.zshrc
alias vmd='/Applications/VMD\ 1.9.4.app/Contents/Resources/VMD.app/Contents/MacOS/VMD'
2.套用
$ exec $SHELL

3.執行vmd
$ vmd

參考
http://kanjulin.blogspot.com/2014/02/vmd-run-vmd-from-mac-terminal.html
http://macosxpostdoc.blogspot.com/2011/04/how-run-vmd-from-terminal-of-os-x.html

Ubuntu 18.04 單機安裝torque

雖然python可以批次化submit job，但如果job在跑的同時，有人利用ssh另外submit job，將會發生大災難，因此ubuntu 18.04可以安裝Torque避免悲劇發生。

2019年1月22日星期二

zsh command not found pip

$ sudo apt-get install --reinstall python3-pip

檢查是否安裝完成

$ pip3 -V

參考

http://www.sail.name/2018/04/06/zsh-command-not-found-pip/

2019年1月21日星期一

Ubuntu 18.04終端機優化

有用過MacOSX都知道Oh My ZSH+iterm2優化終端機功能是多麼的強大，以下要介紹ubuntu18.04系統如何優化終端機，雖然無法在ubuntu安裝iterm2，但還是有其他套件可以取代MacOSX的iterm2喔。

vim indent

1. 多行縮排
按大V進入 -- VISUAL LINE -- 模式
選好要縮排的行之後按大於 ( > )
被選到的行就會縮排囉

2. 單行縮排
在一般模式下
游標在該行上，按兩下大於 ( >> )
那一行就會縮排了

3. 將大括弧的整個區塊縮排
先將游標移到括弧上，
按下大於，百分比 ( >% )
整個括弧區塊就會一起縮排囉

參考

https://ysde.blogspot.com/2013/08/vim-vim-vim-indent-mutiple-lines.html

2019年1月19日星期六

用Gaussian算angle constant

Gaussian套裝軟體是利用量子力學原理計算原子、分子的各式性質。因此，下面要介紹如何求水分子的平衡鍵角以及鍵角常數。

Gaussian

Gaussian softwarehttps://www.youtube.com/playlist?list=PL3T-qmaDVsdD2ZVH1aAMusQrpNLJZllbD

CO2
https://www.youtube.com/watch?v=WkzxdhCtsQQ

CH3COOH
https://www.youtube.com/watch?v=RIQCL0oIeus

設定旋轉角，製作script檔以及光譜分析
https://www.youtube.com/watch?v=KSGg-PmJt4E

2019年1月15日星期二

華碩主板禁用UEFI安全啟動（Disable Secure Boot for ASUS Motherboard）

以下disable掉安全啟動的方法：
1.按F2/ESC進入BIOS
2.確定 "OS Type" 是 "Windows UEFI"

3.點擊進入 "Key Management"

以下每一項上面點右鍵——"Clear Secure Boot keys"

4. 刪除完成後，Secure Boot state 將自動變為 disabled，然後設置OS Type 為 Other OS .

參考

https://blog.csdn.net/qq_29650553/article/details/81028739

解決ubuntu18.04安裝新的NVIDIA顯卡驅動會卡登

ubuntu18.04更新nvidia-390以外的驅動會造成卡登，解決方式如下：

2019年1月12日星期六

PACKMOL

http://m3g.iqm.unicamp.br/packmol/home.shtml

Amber force field單位轉換到Gromacs

For non-bonded:

εgro=εGAFF·4.184
σgro=RGAFF·25/6 * 1/10 = 0.17818·RGAFF

For bonded:

Bonds: b0gro = b0GAFF / 10 ; kb,gro = kb,GAFF /10 *2 *4.184
Angles: Egro = Emin/2 cth = EGAFF *2 * 4.184
Dihedrals: kdgro = PKGAFF * 4.184 / IDIVFGAFF

參考

https://gcm.upc.edu/en/members/luis-carlos/molecular-dynamics
https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2015-September/101115.html
https://github.com/lanl/gromacs-kokkos/blob/master/src/gromacs/math/units.h

2019年1月8日星期二

安裝Lammps polarizable systems using Drude oscillators套件

ERROR: Illegal pair_style command (../pair_lj_cut_coul_long.cpp:600)
Last command: pair_style hybrid/overlay lj/cut/coul/long 8.0 8.0 thole 2.600 8.0

$ make yes-USER-DRUDE

ERROR: Unknown fix style shake (../modify.cpp:898)
Last command: fix fSHAKE gATOMS shake 0.0001 20 0 b 2 3 5

$ make yes-RIGID

2019年1月5日星期六

OpenMM

Introduction to Running Simulations with OpenMM
http://videominecraft.ru/watch/hbQ_dfgWPc8/introduction-to-running-simulations-with-openmm.html

Free Energy Calculations and OpenMM

http://videominecraft.ru/watch/bMvzvlqVqzU/free-energy-calculations-and-openmm.html

MS

An Introduction to Materials Studiohttp://videominecraft.ru/watch/c1klTPfhJV8/an-introduction-to-materials-studio.html

Materials Studio Tutorial 1: Introduction, basic structure construction and view options

http://videominecraft.ru/watch/1LFywGvds4s/materials-studio-tutorial-1-introduction-basic-structure-construction-and-view-options.html

DFT calculations with Materials Studio (sigma profile/cosmo theory)

http://videominecraft.ru/watch/D_Ef322mKYA/dft-calculations-with-materials-studio-sigma-profilecosmo-theory.html

Ovito

Introduction to Ovito

http://videominecraft.ru/watch/z4rogk8pdt4/introduction-to-ovito.html

OVITO Modifiers for Crystal Structures

http://videominecraft.ru/watch/gqpRtUEX9Gk/ovito-modifiers-for-crystal-structures.html

Using Ovito to Analyze a LAMMPS Simulation for Dislocation Velocity

http://videominecraft.ru/watch/oZwmPV5mK0s/using-ovito-to-analyze-a-lammps-simulation-for-dislocation-velocity.html

2019年1月4日星期五

Gromacs

download
http://manual.gromacs.org/documentation/current/download.html

install
https://scc.ustc.edu.cn/xwgg/201810/W020181022366453106481.pdf

force field
https://github.com/gromacs/gromacs/tree/master/share/template

ubuntu How to Install Graphics Driver

本頁面主要說明如何在Ubuntu上安裝顯卡驅動。

2019年1月3日星期四

Ubuntu 18.04 安裝NVIDIA驅動程式

ubuntu18.04安裝NVIDIA顯卡驅動有兩種方式，一種是用ubuntu的apt，另一種是NVIDIA官網下載的驅動程式，以下是兩種驅動安裝方式：

安裝/移除kernel的方法

這邊紀錄一下安裝/移除Linux kernel的方法，因為有時候更新kernel可以達到讓週邊硬體獲得更好的使用，及獲得更好的執行效率和效能。(例如：wireless連線速率改善、USB外接硬碟連接問題(有時候無法連接存取)改善...) 但也有可能安裝失敗，或是有多餘舊的kernel不想保留，而想要將他們移除。

2019年1月2日星期三

Thread與Warp

__ballot(int predicate)：指的是當前線程所在的Wrap中第N個線程對應的predicate值不爲零，則將整數零的第N位進行置位

__popc(ballot(int predicate))：返回warp中bool不爲零的線程數目

asm("mov.u32 %0, %laneid;" : "=r"(ret))：獲得ret爲當前線程在所在Warp中的ID

%lanemask_lt：32-bit mask with bits set in positions less than the thread's lane number in the warp
https://docs.nvidia.com/cuda/parallel-thread-execution/index.html.

__popc(ret & __ballot(int predicate))：返回的值爲當前線程在所在的Warp中是第幾個滿足條件的

__popc ( unsigned int x ): Count the number of bits that are set to 1 in x.
https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-math-api/group__CUDA__MATH__INTRINSIC__INT.html

Example:

nvcc -arch=sm_61 -o popc popc.cu

#include <iostream>
#include <cstdio>
using namespace std;

__device__ __forceinline__ int laneId()
{
 unsigned int ret;
 asm("mov.u32 %0, %laneid;" : "=r"(ret));
 return ret;
}

__device__ __forceinline__ int laneMaskLt()
{
 unsigned int ret;
 asm("mov.u32 %0, %lanemask_lt;" : "=r"(ret));
 return ret;
}

__global__ void testKernel(int *a, int *b, int *c, int *d, int *e, int n)
{
 int x = threadIdx.x + blockIdx.x * blockDim.x;
 if (x >= n)
 {
  return;
 }
 a[x] = __ballot(x > 10);
 b[x] = laneMaskLt();
 d[x] = __popc(b[x] & a[x]);
 c[x] = __popc(a[x]);
 e[x] = laneId();
}

int main()
{
 int *a, *b, *c, *d, *e, *dev_a, *dev_b, *dev_c, *dev_d, *dev_e;
 int n = 64;
 int size = n * sizeof(int);
 a = (int *)malloc(size);
 b = (int *)malloc(size);
 c = (int *)malloc(size);
 d = (int *)malloc(size);
 e = (int *)malloc(size);
 cudaMalloc(&dev_a, size);
 cudaMalloc(&dev_b, size);
 cudaMalloc(&dev_c, size);
 cudaMalloc(&dev_d, size);
 cudaMalloc(&dev_e, size);

 testKernel<<<1, n>>>(dev_a, dev_b, dev_c, dev_d, dev_e, n);

 cudaMemcpy(a, dev_a, size, cudaMemcpyDeviceToHost);
 cudaMemcpy(b, dev_b, size, cudaMemcpyDeviceToHost);
 cudaMemcpy(c, dev_c, size, cudaMemcpyDeviceToHost);
 cudaMemcpy(d, dev_d, size, cudaMemcpyDeviceToHost);
 cudaMemcpy(e, dev_e, size, cudaMemcpyDeviceToHost);

 for (int i = 0; i < n; ++i)
 {
  printf("%d    %d    %d    %d    %d\n", a[i], b[i], c[i], d[i], e[i]);
 }
 cudaFree(dev_a);
 cudaFree(dev_b);
 cudaFree(dev_c);
 cudaFree(dev_d);
 cudaFree(dev_e);
 free(a);
 free(b);
 free(c);
 free(d);
 free(e);
}

n=64代表這64個thread會被分成兩個Warp ，第一個Warp會印出

由於__ballot(x > 10)，所以__popc(a[x])會累計21個thread邏輯成立，__popc(b[x] & a[x])是當前線程在所在的Warp中是第幾個滿足條件

由於__ballot(x > 10)，所以__popc(a[x])會累計32個thread邏輯成立，__popc(b[x] & a[x])是當前線程在所在的Warp中是第幾個滿足條件

參考

https://blog.csdn.net/u010646276/article/details/46830665

2019年1月1日星期二

利用TPPMKTOP手動找force-field

TPPMKTOP是一種快速搜尋force-field的網頁工具，可以產生opls型式的itp檔讓分子模擬套裝軟體直接快速地讀取force-field，不必花費大量的時間找尋每個原子的Lennard-jones位能以及原子間的bond鍵能和鍵長，但如果想要知道這些資料細節，就得從itp檔近一步去分析，以下內容就是介紹如何從TPPMKTOP產生itp檔去找相對應的分子資訊。

Accelerated Computing

1. Introduction

An Even Easier Introduction to CUDA (20170125)
https://devblogs.nvidia.com/even-easier-introduction-cuda/

CUDA從入門到精通
https://blog.csdn.net/Augusdi/article/details/12833235

GPUS Ladyhttps://cloud.tencent.com/developer/user/1539448

2. Atomic Operations (warp vote)

CUDA Pro Tip: Optimized Filtering with Warp-Aggregated Atomics (20141001)
https://devblogs.nvidia.com/cuda-pro-tip-optimized-filtering-warp-aggregated-atomics/

GPU Pro Tip: Fast Histograms Using Shared Atomics on Maxwell (20150317)

https://devblogs.nvidia.com/gpu-pro-tip-fast-histograms-using-shared-atomics-maxwell/

Accelerating Dissipative Particle Dynamics Simulation on Tesla GPUs (20150416)

https://devblogs.nvidia.com/accelerating-dissipative-particle-dynamics-simulation-tesla-gpus/

Voting and Shuffling to Optimize Atomic Operations (20150806)

https://devblogs.nvidia.com/voting-and-shuffling-optimize-atomic-operations/

Using CUDA Warp-Level Primitives (20180115)

https://devblogs.nvidia.com/using-cuda-warp-level-primitives/
http://www.xipengli.com/20180125_CUDA_Warp_Level_Primitives.html

instruction

https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-c-programming-guide/index.html#warp-vote-functions

DPD slides
http://on-demand.gputechconf.com/gtc/2014/presentations/S4518-dissipative-particle-dymanics-sims-kepler.pdf

warp shuffles, and reduction / scan operations

https://drive.google.com/file/d/1mgv38BhdCt0-sGD0I_i0RMCHGsbEa-zj/view?usp=sharing

閱讀Warp Vote Functions

https://cloud.tencent.com/developer/article/1173225