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2019年1月12日 星期六

Amber force field單位轉換到Gromacs

For non-bonded:
  • εgroGAFF·4.184
  • σgro=RGAFF·25/6  * 1/10 = 0.17818·RGAFF
For bonded:
  • Bonds: b0gro = b0GAFF / 10   ;    kb,gro = kb,GAFF /10 *2 *4.184
  • Angles: Egro = Emin/2 cth = EGAFF *2 * 4.184
  • Dihedrals: kdgro = PKGAFF * 4.184 / IDIVFGAFF

參考
https://gcm.upc.edu/en/members/luis-carlos/molecular-dynamics
https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2015-September/101115.html
https://github.com/lanl/gromacs-kokkos/blob/master/src/gromacs/math/units.h

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