利用TPPMKTOP手動找force-field

TPPMKTOP是一種快速搜尋force-field的網頁工具，可以產生opls型式的itp檔讓分子模擬套裝軟體直接快速地讀取force-field，不必花費大量的時間找尋每個原子的Lennard-jones位能以及原子間的bond鍵能和鍵長，但如果想要知道這些資料細節，就得從itp檔近一步去分析，以下內容就是介紹如何從TPPMKTOP產生itp檔去找相對應的分子資訊。

當我們把想要分析的分子建立成PDB格式丟到TPPMKTOP分析後會產生以下的結果

進去ipt檔會有以下資訊列出

根據它的敘述進入https://bitbucket.org/comcon1/後，點oplsaa-erg_ff

再點左邊的Source會有一堆itp資訊，如果我們要知道Lennard-jones參數，點

ffnonbonded.itp進去會有一堆資訊，利用剛剛TPPMKTOP產生的itp檔裡面的opls編號就可以知道每個原子的name bond_type mass charge ptype sigma epsilon，其中sigma epsilon就是我們所要的Lennard-jones參數。再利用bond_type去ffbonded.itp也可以找到對應的鍵長跟鍵能資訊。值得注意的是，裡面鍵長跟鍵能單位不是Lammps的real unit。以tip3p為例：

單位換算
從oplsaa-erg_ff的ffbonded.itp

再從文獻

可以得知oplsaa的kb是bond potential (kJ/nm^-2-mol)，所以換算成Lammps real unit要把oplsaa的kb乘上0.00023900574再乘以10除以2才會換算成bond force (kcal/ångström^-2-mol)。
angle force=除以4.184再除以二
epsilon=除以4.184。

gromacs:
bond force(e+07)=除以4.184再除以10000
angle force=除以4.184再除以2

ligand-expo

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