NAMD教學一：簡介

簡介（Introduction）：

本教學首先介紹了NAMD及其基本功能。它也可以作為非專家NAMD用戶的複習課程。本教學假設您已經具備VMD的工作知識，您已經正確安裝NAMD2.8或更高版本在您的計算機上。有關安裝說明，請參閱NAMD用戶指南NAMD User’s Guide.。對於伴隨使用的VMD教學可在這個網站上找到

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

本教學分為三個部分。第一個是基本的分子動力學模擬的步驟，即準備、最小化和平衡你的系統。第二節介紹典型模擬技術和分析平衡性質。最後一部分是用拉伸分子動力學方法和分析蛋白質打開路徑。最後，在附錄中提供模擬所需的所有文件的簡要描述。

有關NAMD的詳細說明，請參閱NAMD用戶指南，網站是

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/current/ug/

本教程中的例子將集中於泛素的研究——一個小的具有有趣特性的蛋白質。在整個文本中，一些材料將在各自的“盒子”中呈現。這些盒子中有一些是互補的信息來提供給教程，例如關於泛素的生物作用，以及使用NAMD的提示或快捷方式。為了理解本教程，這些盒子不是必需的，如果您時間不夠，可以跳過這些提示作用的盒子。

NAMD 和Windows

NAMD必須從Microsoft Windows中的MS-DOS命令行運行（CMD中執行）。因此，我們也使用這些命令行執行任務，例如復製文件，否則可以在Windows中使用鼠標進行複制。

所需程序（Required program）

本教學需要以下程序：

•NAMD：其可在http://www.ks.uiuc.edu/Research/NAMD/上獲得（用於所有平台）。注意，NAMD 2.6之前的版本不支持CHARMM力場的CMAP校正。

•VMD：其可在http://www.ks.uiuc.edu/Research/VMD/上獲得（用於所有平台）

•文本編輯器：我們將使用寫字板查看和編輯一些與NAMD模擬相關的文本文件。您可能更喜歡使用記事本或您選擇的另一個文本編輯器。 Microsoft Word是一種文字處理程序，不應用作文本編輯器。 （ps：conf文件等用寫字板編輯，不要用word編輯）

•繪圖程序：VMD還有一個內部繪圖程序，我們將使用該程序直接檢查NAMD日誌文件。你可能發現有用的其他繪圖程序有Mathematica，http://www.wolfram.com/，Matlab，http://www.mathworks.com/，和scilab，可在http://www.scilab.org/上獲得。注意每一個除scilab外，其他程序要求您購買軟件。 Scilab是一個免費程序，其功能與Matlab幾乎相同。如果您無法使用Excel或任何專有程序，我們鼓勵您使用scilab。

開始吧(Getting Started)

為了開始本教學，您應該打開一個MS-DOS命令窗口，Start – Programs- Accessories-Command Prompt。這是在教學中鍵入命令的窗口。這個窗口將被稱為“終端”窗口。如果需要你可以以同樣的方法創建另一個。為了運行本教學，您將需要相應的文件。

為了執行教程，你需要合適的的文件。本教學的文件可在http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/上獲得。您應該下載這些文件並將它們解壓縮到一個方便的位置。然後你應該使用終端窗口導航到包含這些文件的目錄。例如，如果文件解壓縮到主目錄中，則

將鍵入：

> cd C:自定義目錄\namd-tutorial\namd-tutorial-files

這將把您放在包含教學文件的目錄中。




參考
http://mdstudy.cn/?cate=10