NAMD教學七：輸出文件：水分子球模擬輸出的log日誌文件

1.7輸出文件：水分子球log文件(Output: Water Sphere Log File)

1、水球最小化平衡模擬的輸出將返回到1-2-sphere目錄。輸入cd ..\1-2-sphere。通過鍵入dir列出目錄中的文件。

根據“Simulation Parameter”部分的輸出部分中的描述，當前模擬應生成以下11個輸出文件：

• ubq_ws_eq.log
• ubq_ws_eq.coor
• ubq_ws_eq.vel
• ubq_ws_eq.xsc
• ubq_ws_eq.dcd
• ubq_ws_eq.restart.coor
• ubq_ws_eq.restart.vel
• ubq_ws_eq.restart.xsc
• ubq_ws_eq.restart.coor.old
• ubq_ws_eq.restart.vel.old
• ubq_ws_eq.restart.xsc.old

（原始配置文件也應該在目錄中。）

其中七個輸出文件包含二進制數據，因此坐標和速度信息可以保持高精度。不在二進制代碼中的文件帶有xsc：

*ubq_ws_eq.xsc、ubq_ws_eq.restart.xsc、ubq_ws_eq.restart.xsc.old，它們是擴展的系統配置文件。它們存儲系統的周期性單元維度和獲取此信息的時間步長。當不使用周期性邊界條件時，它們是不沒有用的。 （重新啟動文件的功能與前面描述的相同。）

**ubq_ws_eq.log文件。這裡儲存了各種力場相互作用的能量。 log日誌文件存儲了大量信息，我們要將對其進行檢查。

2、 log文件的第一部分由Info標籤表示，包含運行模擬的參數，以及有關係統的其他有用信息，例如原子數、鍵的類型和數目、總質量和總電荷。

3、在第一部分之後，從標記為TCL的行開始顯示有關係統最小化的信息。這一行說明最小化持續的時間。

4、之後，給出了系統的壓力。對於目前的模擬，沒有給出壓力輸出，因為NAMD沒有定義非週期系統的壓力。對於使用周期邊界條件的模擬，您將看到壓力值。

5、下一部分列出了相互作用的能量，首先定義了與ETITLE一起列出的能量，然後列出了每一步ENEGY旁邊的實際值（kcal/mol）。 （時間步長（TS）值是NAMD已執行且不以時間單位表示的時間步數，溫度（TEMP）值以K為單位。）

6、列出的初始步長和梯度公差值是對應於電勢最小值的數值搜索的數學參數。梯度公差在極小化過程中會減小，可以用來粗略判斷極小化的程度。見圖6。

7、在最小化之後，平衡狀態的數據顯示在log日誌文件中。見圖7。圖中所示的第一行確認NAMD正在正確的時間步驟中寫入正確的信息，您已經在配置文件中指定了該步驟。下面的空格是通常寫壓力的地方。請注意，由於它們不是壓力，因此此空間用於存儲模擬的總時間步長。該時間步的能量然後將完整記錄。在這種情況下，每100步一輸出，與配置文件中指定的一樣

8、文件末尾確認正在記錄模擬的最終幀，並提供計算數據，如果您希望更改參數、在另一台計算機上運行等，這些數據可用於基準測試您的運行。模擬水盒子中泛素的日誌文件與上面描述的非常相似，除了壓力輸出，如前所述。有關日誌文件的更多信息，請參見附錄F。