NAMD教學十八：PDB文件

術語PDB可指蛋白質數據庫（http://www.rcsb.org/PDB/），如下圖提供的數據文件或遵循PDB格式的任何文件。 PDB中的文件包括諸如化合物的名稱、從哪些物種和組織獲得的、作者、修訂歷史、期刊引文、參考文獻、氨基酸序列、化學計量、二級結構位置、晶格和對稱群等信息，最後ATOM和HETAM記錄了蛋白質和任何水，離子的坐標，或晶體中的其他異質原子。一些PDB文件包含一些或所有原子的多組坐標。由於x射線晶體學和核磁共振結構分析的局限性，氫原子的坐標不包括在PDB中。

NAMD和VMD忽略PDB文件中除ATOM和HETATM記錄之外的所有內容，並且在編寫PDB文件時，ATOM記錄類型用於系統中的所有原子，包括溶劑和離子。以下是PDB中1UBQ條目中泛素前兩個殘基的原子記錄：

這裡看到的區域按從左到右的順序是記錄類型、原子編號ID、原子名稱、殘基名稱、殘基編號ID、x、y和z坐標、佔用列、溫度因子（稱為beta）、段名稱和行號。

如果將此文件加載到VMD中，然後輸出新文件，則大部分額外信息將會被刪除，HETATM記錄將成為ATOM記錄，並且先前的空白的鏈ID字段（在殘基名稱和殘基編號ID之間）將設置為X（除非原始文件中存在），該行行將被忽略，如下所示：

參考

https://baike.baidu.com/item/pdb/18716279