NAMD教學十一：能量

2.1.3 能量

目的：計算模擬過程中各種能量（動能和不同的內部能量）的平均值。

您將看到用上一個單元中運行的水盒模擬過程中的動能和所有內能：成鍵能（鍵，角和二面體）和非鍵能（靜電，范德華力）。本節將向您介紹一個名為namdstats.tcl的tcl腳本，非常有用，該腳本對於計算模擬的平均能量數據或隨時間提取能量數據。

1、在終端中，轉到目錄2-3- energies /

我們將檢查您在目錄../1-3-box/中運行的模擬。 Namdstats.tcl將搜索NAMD輸出文件中的所有信息，並可以提取出相關的能量數據。您應該使用文本編輯器對其進行研究，以使其熟悉。

2、通過單擊開始→ 程序→ VMD，打開VMD。

3、在VMD TkCon窗口中，如果尚未2-3-energies目錄中，在請使用cd命令導航至2-3-ergys /。

4、要使用該腳本，請鍵入：

source namdstats.tcl

data_avg ../1-3-box/ubq_wb_eq.log 101 last

第一行將提供腳本本身，第二行將調用一個過程，該過程將計算從101之後的第一個記錄的時間步到模擬結束之間的日誌文件中所有輸出變量的平均值。 （ps：從101到最後一步的能量平均值）。

Namdstats.tcl。 tcl腳本namdstats.tcl包含兩個您可能希望調用的過程，具體取決於您要計算的內容。在導入腳本之後調用這些過程。第一個過程是data_avg。它將輸出NAMD在您指定的任何時間步範圍內計算的所有能量的平均值。通過以下方式調用它：

data_avg <logfile> [<first timestep> <last timestep>]

其中<logfile>是您的運行的NAMD日誌文件，並且一起指定開始和結束時間是可選的。省略它們將使分析從模擬開始到結束運行，將它們指定為“ first”或“ last”將使分析從模擬的第一時間步長到最後的時間步長進行。

第二個過程是data_time。它將為您選擇的任何一種能量類型以及您指定的任何時間步長范圍輸出時間步長和能量值流。輸出將放置在文件<data stream> .dat中。通過以下方式調用它：

data_time <data stream> <logfile> [<first timestep> <last timestep>] 其中，<data stream>是NAMD輸出的能量值之一。

namdstats.tcl的輸出應與表1中的輸出相似。請注意，NAMD使用的標准單位為：長度Å，能量的kcal / mol，溫度的Kelvin和壓力的bar。

系統的溫度應接近我們為水箱模擬指定的溫度310K。由於系統尺寸有限，會引起溫度波動，因此不是很精確。我們將在下一部分中研究這些波動。